在4月16日發布《上海市工業企業復工復產疫情防控指引（第一版）》基礎上，上海市經信委結合市疫情防控和企業復工復產工作實際，修訂形成并發布了《上海市工業企業復工復產疫情防控指引（第二版）》。
相比第一版五大方面、21條內容，第二版指引增加了“加強對復工復產企業的服務”，總體包括六方面共26條內容。
在“落實疫情防控責任”方面，第一版指引強調“企業落實主體責任”，第二版指引修改為“嚴格落實政府、行業主管部門、企業、員工‘四方’責任”，并且明確企業疫情防控和閉環管理方案的審批部門是“屬地疫情防控部門”。

在“實施場所分區分類管理”方面，第二版指引明確設置四類風險區域，即綠區（正常生產）、藍區（新進入人員觀察）、黃區（密接或次密接）、紅區（有感染情況），各區做到互相隔離。同時細化了清潔消毒的重點，如高頻接觸物品、高人流集聚場所、公共廁所和物流交換場所等。

在“強化企業員工管理”方面，第二版指引新增了“加強返崗及到崗員工組織管理”，要求對新返崗員工設置一定的靜默期，落實獨立的住宿、生活條件及“一日兩測”（早上抗原、下午核酸）。另外，第一版指引統一要求企業“一日兩測”，新版指引細化明確不同區域企業的管理要求，封控區內企業堅持一日兩測；管控區內企業每日抗原、兩天一測核酸；防范區內企業每天抗原檢測、五天內一次核酸。

在“加強物流管理和防疫物資儲備”方面，第一版指引要求“本企業物流車輛司乘人員必須持有48小時以內的陰性核酸報告或24小時以內的抗原檢測陰性報告”,第二版指引調整為“必須持有48小時以內的核酸檢測陰性報告”。

在“做好安全生產和應急處置預案”方面，第二版指引新增了企業“應開展復工前專項消殺和生產安全檢查。合理安排工期，嚴防過勞作業和不顧安全的搶工期、搶進度等現象發生”，并要求“加強對企業物流環節人員、企業項目建設和檢修人員的疫情防控管理，制定落實防外溢的專項管理措施”。

第二版指引新增了“加強對復工復產企業的服務”方面，共5條內容，包括各區應當公布工業企業復工復產申請流程和條件；各區政府和街鎮、園區要積極支持企業復工復產，并對防疫物資和生活物資保障提供托底服務；符合疫情防控條件的企業可向所在區復工復產牽頭部門或相關單位申請“復工證”，返崗人員可在隨申辦App上使用“復工證”；符合疫情防控條件的企業可向所在區復工復產牽頭部門或相關單位申請跨省運輸通行證；封閉生產企業可向所在區復工復產牽頭部門申請輪換已復工復產人員，相關人員可憑48小時核酸陰性，進小區前加測1次抗原，如陰性可回小區。